Μέχρι σήμερα στη Σκόπελο δεν έχουν γίνει συστηματικές επιφανειακές έρευνες, γι’ αυτό οι γνώσεις μας είναι πολύ ελλιπείς.

   Τα παλαιότερα λείψανα κατοίκησης χρονολογούνται στη πρώιμη και μέση φάση της μυκηναϊκής περιόδου (16ος – 14ος αιώνας π.Χ.). Πρόκειται για κτήρια και ένα λακκοειδή τάφο στη θέση Στάφυλος της Σκοπέλου, που περιείχε πλούσια χρυσά κτερίσματα, τα οποία υποδηλώνουν ότι άνηκε σε κάποιον ηγεμόνα ή βασιλιά της εποχής. Η σύντομη ανασκαφική έρευνα που έγινε το 1936 από τον αρχαιολόγο Ν. Πλάτωνα έδειξε ότι το μεγαλύτερο μέρος του τάφου είχε καταστραφεί. Ο μινωικός χαρακτήρας των ευρημάτων είναι εμφανής, ενώ η ονομασία της περιοχής Στάφυλος που παραμένει αναλλοίωτη για χιλιετίες αποτελεί ισχυρότατη ένδειξη για την απόδοση του τάφου στον μυθικό αυτό ήρωα. Σύμφωνα με τις αρχαίες πηγές ο Μινωίτης Στάφυλος, γιος του Διονύσου και της Αριάδνης, αποίκισε την Πεπάρηθο (Σκόπελο) στους χρόνους της μινωικής θαλασσοκρατίας.

   Στους αρχαϊκούς χρόνους οι Χαλκιδείς αποικίζουν την Πεπάρηθο, η οποία φτάνει σε μεγάλη ακμή στο τέλος του 6ου και στις αρχές του 5ου αιώνα π.Χ. Στην περίοδο αυτή κόβει μια σειρά αργυρών νομισμάτων και διατηρεί εμπορικές και άλλες σχέσεις με πολλές πόλης του Αιγαίου.

τετράδραχμο 500-480 π.Χ.

       Μετά το 480, το νησί χάνει την αυτοτέλειά του και υπάγεται στην Α’ Αθηναϊκή Συμμαχία. Το 427 π.Χ. ο Θουκυδίδης αναφέρει ότι ένας ισχυρός σεισμός έπληξε την Πεπάρηθο και ένα παλιρροϊκό κύμα κατέστρεψε δημόσια κτήρια.