Det er to lovmessig beskyttede marine nasjonalparker i Hellas: Alonissos Marine Nasjonalpark, Norlige Sporader (1992) og Zakyntos Marine Nasjonalpark (1999). Det omliggende havet rundt Skopelos og noen av øyene lenger ut har blitt gjort til spesielle beskyttelesområder for den minkende bestanden av munkesel.

Nesten hver morgen forlater en ekskursjonsbåt havna i Skopelos for en organisert tur omkring i nasjonalparken, hvor en øket delfinbestand er lett å registrere.